המחלקה הוקמה במטרה לקדם את הפעילותן של ועדות אתיקה במערכת הבריאות בארץ, ולסייע בהפיכתן לכלי מתפקד ומועיל. המחלקה פועלת לעידוד מפגשים בין מומחים שונים העוסקים בתחום היעוץ האתי וחברי ועדות אתיקה, הקמת פורום אינטרנט לדיון בדילמות אתיות, והכשרת חברי הועדות בנושאים הקשורים בהיבטים האתיים והחוקיים של תפקידם. במהלך 2009 תקיים המחלקה סידרת ימי עיון לחברי הועדות, וכנס בינלאומי (במאי 2009) בנושא.
